De biomassaproductie in de Waddenzee is een van de hoogste in de wereld ten opzichte van andere vergelijkbare kustgebieden. Dit komt het duidelijkst naar voren door het grote aantal vissen, schelpdieren en vogels. De ecosystemen van de Waddenzee houden dierenpopulaties tot ver buiten het gebied in stand.
De Waddenzee is een van de belangrijkste gebieden voor trekvogels in de wereld. Er kunnen ongeveer 6 miljoen trekvogels op hetzelfde moment in de Waddenzee aanwezig zijn, en gemiddeld 10-12 miljoen vogels trekken jaarlijks in de herfst en in de lente door het gebied.
De hoeveelheid biomassa op mosselbanken is 2.000 g per m², vergeleken met ongeveer 65 g per m² op de gewone wadbodem.
Bijna alle bezoekerscentra in de Werelderfgoed-regio bieden educatieve activiteiten aan over de natuur en cultuur van de Waddenzee. De Internationale Waddenzeeschool brengt experts samen op het gebied van natuureducatie uit Denemarken, Duitsland en Nederland.
TMAP is het gezamenlijke monitoringprogramma van de drie Waddenzee-landen. Het programma werd gelanceerd in 1997 en omvat een breed scala aan onderwerpen, zoals morfologie, ecologische processen, dieren in het wild en menselijke activiteiten.